Die Theologische Fakultät Fulda führt die Bildungstradition Fuldas fort, die mit der Gründung des Klosters Fulda (744) und dessen Schule (748) beginnt und unter Hrabanus Maurus und Rudolf von Fulda einen glanzvollen Höhepunkt erlebte. An die Stelle der benediktinischen Klosterschule trat unter Abt Balthasar von Dernbach (1570-1606) das 1571 von den Jesuiten eröffnete Gymnasium, an dem im Laufe des 17. Jahrhunderts philosophische und theologische Lehrstühle errichtet wurden. Ein von Papst Gregor XIII. im Jahre 1584 gestiftetes Päpstliches Seminar in Fulda sicherte dem Jesuitengymnasium einen geographisch weiten Einzugsbereich der Studenten. 1734 stiftete Adolf von Dalberg aufgrund päpstlicher und kaiserlicher Privilegien eine aus vier Fakultäten bestehende Universität. Nach deren Suspension durch den Landesherrn des säkularisierten Hochstifts Fulda, Wilhelm Friedrich von Oranien-Nassau, im Jahre 1805 führte die Theologische Lehranstalt des Bischöflichen Priesterseminars die wissenschaftliche Ausbildung der künftigen Fuldaer Diözesanpriester fort.

Im Verlauf des 19. Jahrhunderts entstand der von Papst und deutschem Episkopat (Bischofskonferenzen in den Jahren 1848 und 1869) geförderte Plan, in Fulda eine freie katholische Universität zu errichten. Nach vorübergehender Schließung des Studienbetriebes und des Priesterseminars im Jahre 1874 infolge des Kulturkampfes wurde unter Bischof Kopp (1881-1887) die Philosophisch-Theologische Lehranstalt zusammen mit dem Priesterseminar 1886 wiedereröffnet. Die Rektoratsverfassung besteht seit dem Jahre 1939. Am 1. März 1965 errichtete Bischof Dr. Adolf Bolte (1959-1974) die Philosophisch-Theologische Hochschule Fulda als eine eigenständige "Persona moralis in ecclesia" und setzte die von der "Hochschulkonferenz" erarbeitete Hochschulsatzung in Kraft. Die rechtliche Stellung der Hochschule zur Landesregierung wird bestimmt durch Art. 9 und 12 des Konkordates und die in Art. 60 der Hessischen Verfassung festgelegte Stellung des Fuldaer Priesterseminars, dessen wissenschaftliche Aufgabe die Hochschule übernimmt. Seit der Gründung des Katholischen Seminars in Marburg durch den Bischöflichen Stuhl gibt es eine enge Zusammenarbeit mit der Fuldaer Hochschule. Prof. Gerhard Matern als erster Direktor war gleichzeitig Professor in Fulda. Diese Verzahnung wird bis in die Gegenwart hinein fortgeführt. Aufgrund langjähriger Bemühungen von Bischof Dr. Eduard Schick wurde mit Wirkung vom 22. Dezember 1978 die Philosophisch-Theologische Hochschule Fulda durch die Hl. Kongregation für das Katholische Bildungs- wesen zur Theologischen Fakultät erhoben. Sie besitzt laut Urkunde des Hessischen Kultusministers vom 23. Februar 1983 gemäß dem Hessischen Hochschulgesetz die Eigenschaft einer staatlich anerkannten wissenschaftlichen Hochschule und führt die Bezeichnung Theologische Fakultät Fulda - Staatlich anerkannte wissenschaftliche Hochschule -. An der Theologischen Fakultät Fulda können alle akademischen Grade erworben werden, wie z.B. Magister, Diplom, Lizentiat, Doktorat, seit 2001 auch Habilitation.